17 sierpnia 2009 r. pełnomocnik Netii otrzymał informację o doręczeniu decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Warszawie, w której zostało określone zobowiązanie podatkowe Netii za rok 2003 w podatku dochodowym od osób prawnych ("CIT") w wysokości 58,7 mln zł plus odsetki od zaległości podatkowych. Decyzja została wydana pomimo przedstawienia przez spółkę argumentów prawnych, z których wynikało, że ustalenia kontroli są błędne i nie mają żadnych podstaw prawnych. Według Dyrektora UKS nieprawidłowości w rozliczeniu za rok 2003 polegały na zaniżeniu przychodów o kwotę 303 mln zł i dotyczyły niezaliczenia do przychodów podatkowych kwot naliczonych i nieotrzymanych odsetek od pożyczek udzielonych przez Netię w latach poprzednich jej spółkom zależnym, z którymi Netia skonsolidowała się 31 grudnia 2003 r. Zdaniem Dyrektora UKS nieprowadzenie egzekucji zobowiązań z tytułu udzielonych pożyczek i naliczonych odsetek od spółek zależnych Netii jest podstawą do szacowania dla Netii przychodu w trybie art. 11 ustawy o CIT tj. przepisu umożliwiającego organom podatkowym szacowanie przychodów w przypadku wystąpienia powiązań kapitałowych lub osobowych, jeżeli w następstwie takich powiązań podatnik wykonuje świadczenia na warunkach korzystniejszych, odbiegających od warunków ogólnie stosowanych w czasie i miejscu wykonania świadczenia i w wyniku tego podmiot nie wykazuje dochodów albo wykazuje dochody niższe od tych jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały.
Zdaniem Netii decyzja dyrektora UKS stoi w sprzeczności z odpowiednimi przepisami prawa podatkowego z następujących powodów:
1. zgodnie z przepisami ustawy o CIT przychodem podatkowym są wyłącznie odsetki otrzymane, a tych Netia nie otrzymała;
2. żaden przepis wskazanej ustawy nie uzależnia rozpoznania przychodu w spółce z tytułu należnych odsetek od prowadzenia albo braku prowadzenia egzekucji tych odsetek;
3. Dyrektor UKS w protokole i decyzji potwierdził, iż pożyczki udzielone były na warunkach rynkowych; oprocentowanie pożyczek było rynkowe;
4. Netia nie mogłaby w żaden sposób wykazać dochodów z odsetek w roku 2003, ponieważ nawet gdyby przyjąć, że otrzymała odsetki od spółek zależnych, musiałyby być one przeznaczone na spłatę jej zobowiązań odsetkowych, a spłata przez spółkę odsetek jest jej kosztem podatkowym; otrzymane odsetki są przychodem podatkowym, a zapłacone są kosztem podatkowym;
5. sądowa egzekucja zobowiązań z tytułu odsetek, która jako jedyna jest uznawana za poprawną przez Dyrektora UKS - gdy zobowiązania pozostają niespłacone - byłaby nieefektywna biznesowo i ekonomicznie i prowadziłaby do upadłości spółek zależnych. Spółka wybrała tańszy sposób zaspokojenia swoich należności poprzez przejęcie spółek zależnych i tym samym przejęcie ich aktywów obrotowych. Równolegle do tej restrukturyzacji, Netia zrestrukturyzowała swoje własne zobowiązania z zewnętrznymi pożyczkodawcami Grupy;
6. Dyrektor UKS błędnie ustalił stan faktyczny poprzez uznanie, iż porównywalną transakcją rynkową dla pożyczek udzielonych spółkom zależnym jest pożyczka udzielona przez Netię spółce Millenium Communications, z którym to podmiotem Spółka toczyła liczne spory sądowe, których przyczyną było niepowodzenie przedsięwzięcia nabycia tej spółki przez Netię;
7. gdyby spółka dokonała umorzenia odsetek od udzielonych pożyczek, umorzone odsetki nie byłby jej przychodem podatkowym;
8. w decyzji zostały błędnie rozliczone straty podatkowe Netii, przez co istotnie zawyżona została wysokość ustalonego podatku; oraz
9. istnieje spór pomiędzy spółką a dyrektorem UKS odnośnie ustalenia czy decyzja dyrektora UKS została skutecznie doręczona pełnomocnikowi spółki; zdaniem spółki decyzja dyrektora UKS nie została skutecznie doręczona.
Z powyższych względów spółka zamierza odwołać się od decyzji wydanej przez dyrektora UKS. Decyzja dyrektora UKS jako decyzja organu pierwszej instancji jest nieostateczna i niewymagalna. Spółka jest w posiadaniu opinii kilku niezależnych doradców podatkowych i prawnych, zgodnie z którymi zarzuty dyrektora UKS nie mają podstaw prawnych. W związku z powyższym spółka nie zamierza utworzyć rezerwy na wysokość wskazanych w decyzji kwot zaległości podatkowych.